Компания Advaita Bio объявила о запуске iSCanGuide — облачной платформы, предназначенной для преобразования крупных наборов данных одноклеточной и пространственной транскриптомики в биологически значимые результаты. Платформа, опирающаяся на 20-летний опыт научно подтвержденных разработок, интегрирована с флагманским решением Advaita — iPathwayGuide — и заменяет разрозненные рабочие процессы единой аналитической средой на базе графического процессора.
Одноклеточная и пространственная транскриптомика генерируют сложные массивы данных, однако большинство исследователей по-прежнему вынуждены комбинировать множество разрозненных инструментов для их анализа, писать собственные скрипты, переносить данные между платформами и тратить недели на ручные рабочие процессы. iSCanGuide устраняет это узкое место благодаря единой среде с ускорением на базе графического процессора, позволяющей выполнять задачи, ранее занимавшие недели, всего за несколько минут и опирающейся на те же научно подтвержденные алгоритмы, что и система анализа сигнальных путей Advaita, которой доверяют более 13.000 исследователей во всем мире.
«Исследователи буквально утопают в потоке данных и испытывают острый дефицит аналитичеcких выводов, — считает Майк Маттакола (Mike Mattacola), генеральный директор Advaita Bio. — iSCanGuide сокращает процесс, который раньше занимал недели ручной работы, до нескольких минут — от матриц подсчетов до аннотированных типов клеток, пространственного контекста и механистического анализа сигнальных путей на единой платформе».
Ключевые возможности и совместимость:
- Взаимодействие в режиме реального времени: интерфейс с графическом управлением, не требующий программирования, и несколько режимов навигации делают платформу удобной как для начинающих пользователей, так и для экспертов-аналитиков.
- Стандартизированные рабочие процессы: обеспечение воспроизводимости и согласованности результатов экспериментов по одноклеточной и пространственной транскриптомике с помощью стандартизированных и валидированных аналитических конвейеров.
- Анализ одноклеточной транскриптомики: нативная поддержка форматов .h5ad, .h5, 10x CellRanger и ParseBio, обеспечение интерактивного и итеративного анализа от первичного контроля качества и фильтрации до кластеризации, аннотации и анализа клеточных траекторий, с гибкими рабочими процессами, которые адаптируются к вашим данным на каждом этапе.
- Анализ пространственной транскриптомики: картирование экспрессии генов в контексте нативной ткани с полной поддержкой технологий 10х Genomics Visium (Standard/HD) и Xenium. Пользователи могут визуализировать пространственное распределение клеток и выявлять пространственно вариабельные гены в той же среде, что используется для секвенирования одноклеточной РНК (RNA-seq), без необходимости экспорта данных.
- Интегрированные аналитические механизмы: непосредственная интеграция iSCanGuide с собственной методологией Impact Analysis iPathwayGuide™ для механистического анализа сигнальных путей на уровне отдельных клеток, что позволяет связать аннотацию типа клеток с биологической интерпретацией на уровне сигнальных путей в рамках единого рабочего процесса.
- Анализ межклеточной коммуникации: характеристика сетей межклеточной сигнализации путем выявления взаимодействий «лиганд-рецептор» и моделей коммуникации между различными типами клеток для понимания механизмов координации клетками своего поведения в естественной тканевой среде.
«Одноклеточный и пространственный анализ долгое время оставались крайне фрагментированными — слишком много инструментов, слишком много параметров и отсутствие преемственности между кластеризацией и биологической интерпретацией. Сложность освоения подобных инструментов приводит к тому, что критически важные ноу-хау уходят вместе со специалистами-аналитиками, а обмен результатами остается неоправданно сложным, — говорит д-р Сорин Драгичи (Sorin Draghici), основатель и главный научный специалист компании. — iSCanGuide заменяет все это единой платформой, которая переносит исследователей от матриц подсчетов экспрессии к механистическому пониманию сигнальных путей — с разумными настройками по умолчанию, возможностью обмена результатами одним нажатием кнопки и фиксацией всех параметров анализа. Прямая интеграция с собственной методологией Impact Analysis iPathwayGuide позволяет выполнять весь рабочий процесс за считанные минуты, а не за недели».